Die Ursachen einer Malabsorption sind vielfältig.
Das Bauchspeicheldrüsenenzym Lipase verdaut die Fette zu kleinen Bestandteilen, welche durch die Gallensäuren (welche von der Leber gebildet werden) in eine aufnehmbare Form gebracht werden. Das Bauchspeicheldrüsenenzym Amylase verdaut die Zucker zu aufnehmbaren Bestandteile. Pepsin aus dem Magen beginnt die Verdauung von Eiweissen und aktiviert weitere Bauchspeicheldrüsenenzyme. Dadurch können Erkrankungen der Bauchspeicheldrüse, des Magens und der Leber zu einer Malabsorption führen.
Andere Erkrankungen wie die Glutenunverträglichkeit (Zoeliakie, Sprue), der Vitamin B12-Mangel, der Morbus Crohn oder die Colitis ulzerosa führen über einen autoimmunen Weg zu einer verminderten Aufnahme von allen oder einzelnen Nährstoffen und Vitaminen.
Auch ein falscher pH-Wert im Magendarmtrakt kann zu einer fehlenden Aktivierung von Enzymen und somit zu einer Malabsorbtion führen.
Typisch und jedem bekannt ist natürlich eine akute Infektion (infektiöse Gastroenteritis), welche über die Entzündungsreaktion zu zeitlich begrenzten, beeindruckenden Diarrhoen führen kann. Chronische Infektionen sind selten, kommen aber auch bei postoperativ ausgeschalteten Darmschlingen, bakterieller Ueberwucherung und Divertikeln vor.
Auch Zuckerunverträglichkeiten (Laktose-, Fruktose-, Sorbitintoleranz) kann zu einer Malabsorption führen.
